Genetica
L'area di genetica di Centro Ames si occupa dell'analisi del patrimonio genetico con finalità cliniche e diagnostiche
Attraverso test genetici è possibile ottenere informazioni utili per comprendere condizioni ereditarie, predisposizioni genetiche e risposte individuali a determinati farmaci.
Centro Ames utilizza tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), che permettono di analizzare più geni contemporaneamente con elevata accuratezza. Questo consente di affrontare casi complessi riducendo i tempi di risposta e migliorando la completezza dell’analisi.
Tra i test di maggiore rilievo rientrano anche le applicazioni in ambito prenatale, come il test di paternità prenatale non invasivo, che permette di ottenere informazioni genetiche attraverso un semplice prelievo di sangue materno.
Dentro la Genetica
Metodi e applicazioni
Metodiche
Lo studio molecolare delle malattie genetiche prevede l’estrazione del DNA dal campione biologico e nella maggior parte dei casi una reazione di amplificazione del DNA estratto con tecnica di Polymerase Chain Reaction (PCR). La fase analitica successiva e’ rappresentata generalmente dal sequenziamento automatico del frammento amplificato in PCR. La ricerca di mutazioni viene quindi eseguita confrontando la sequenza ottenuta per il campione in esame con la sequenza di riferimento (sequenza detta “wild-type”, cioè normale). Nel caso in cui le mutazioni che determinano una precisa patologia siano note ed in numero limitato, si può procedere alla sola ricerca di tali mutazioni invece di analizzare l’intero gene.
L’analisi mediante sequenziatore automatico è anche utilizzato per l’analisi di frammenti. Una delle applicazioni di questo tipo di analisi realizzata nel Laboratorio di Genetica del Centro AMES è la Quantitative Fluorescent Polymerase Chain Reaction (QF-PCR) in diagnosi prenatale impiegata per individuare alterazioni numeriche relative ai soli cromosomi 13, 18, 21 e ai cromosomi sessuali X e Y.
La tecnica MLPA (Multiple Ligation dependent Probe Amplification) è utilizzata per la ricerca di riarrangiamenti, delezioni o duplicazioni, per l’analisi delle regioni introniche o regolatorie per i difetti di splicing di un gene. La tipologia di analisi molecolare eseguita può essere diversa rispetto a quelle sopraindicate a seconda dei dati emersi dalla consulenza genetica. In alcuni casi per il completamento dell’analisi può essere necessario eseguire l’esame anche sui genitori o su altri familiari della persona che ha richiesto un’analisi molecolare.
La NGS è una nuova tecnologia che consente grazie alla produzione di miliardi di sequenze di DNA in forma di corti frammenti, di costruire una mappa dei geni coinvolti in numerose patologie.
Il CGH array ha aumentato la capacità di rilevare varianti genomiche (CNV) patologiche presenti in pazienti con ritardo globale dello sviluppo, ritardo mentale, autismo, anomalie congenite multiple e dismorfismi.
Con tale analisi è possibile identificare mutazioni, in singoli geni (gene SHOX, gene RET) o in un pannello di oltre 4800 geni, Illumina.com, correlate alle patologie genetiche più diffuse ed ad oggi conosciute. E’ possibile inoltre verificare la predisposizione a diversi tumori (BRCA1- BRCA2 per la predisposizione al carcinoma mammario e ovarico).
Farmacogenomica e oncologia di precisione
Soggetti diversi rispondono in modo diverso allo stesso farmaco; tali differenze sono legate al grande numero di proteine che intervengono nella risposta alla terapia farmacologica. Ogni proteina e’ prodotta da una specifica sequenza di DNA, il gene; la maggior parte dei geni presenta caratteristiche diverse in individui diversi. Una nuova disciplina, la FARMACOGENETICA, si propone di studiare le variazioni nella sequenza dei geni (“varianti polimorfiche”) responsabili dell’efficacia della terapia farmacologica in un determinato individuo. Test del DNA, che identificano queste varianti polimorfiche, sono in grado di predire, almeno in parte, come un paziente risponderà ad un determinato farmaco. I risultati del test genetico saranno utilizzati dal medico per scegliere quale farmaco impiegare per il trattamento del paziente e per ottimizzare il dosaggio da somministrare:”il farmaco giusto al paziente giusto”. Le varianti polimorfiche in farmacogenetica vengono ricercate nei geni responsabili del metabolismo, del trasporto, dell’assorbimento,della distribuzione e dell’escrezione del farmaco nonché in quei geni che producono le proteine dei recettori del farmaco stesso.
Gli isoenzimi appartenenti al sistema del CYP450 sono responsabili del metabolismo di molti farmaci comunemente prescritti in quanto catalizzano la maggior parte delle reazioni di ossidazione che avvengono a livello epatico (reazione di fase I). Tra le numerose isoforme del CYP450, il Citocromo P450 isoforma 2D6 (CYP2D6) è coinvolto nel metabolismo ossidativo del 25% circa dei farmaci correntemente prescritti.
I genotipi 2D6 risultano altamente variabili tra i diversi individui, non solo perché esistono numerosi
polimorfismi a carico di questo gene ma anche perché un evento di duplicazione determina in alcuni di essi l’esistenza di più copie attive del gene. In base al genotipo sono state individuate quattro categorie fenotipiche: UM “ultra rapid metabolizers”, EM “extensive metabolizers”, IM “intermediate metabolizers” e PM “poor metabolizer”. I soggetti con fenotipo “extensive” o “intermediate” hanno un’attività enzimatica rispettivamente normale o inferiore ai limiti della norma, mentre i metabolizzatori “poveri” i PM e gli “ultra-rapidi” UM, presentano una capacità metabolica rispettivamente molto inferiore o molto superiore ai livelli
normali. Gli individui appartenenti a queste due ultime categorie possono essere soggetti a reazioni avverse oppure a ridotti effetti terapeutici se il farmaco somministrato è substrato del prodotto del gene CYP2D6.
Il test genetico:
consiste nell’identificazione delle varianti polimorfiche dell’intero gene del citocromo CYP2D6 mediante NGS (Next Generation Sequencing) e conferma delle varianti geniche rilevate con NGS mediante sequenziamento diretto Sanger.
Il test si esegue:
su DNA estratto da linfociti di sangue periferico (2 provette da 3mL di sangue intero in provetta Vacutainer con EDTA).
Indicazione all’analisi:
l’analisi viene eseguita in soggetti in cui si verifica l’ assenza di effetti terapeutici o l’ insorgenza di effetti collaterali in seguito a somministrazione di terapie a base di farmaci substrato del CYP2D6.
DIAGNOSI MOLECOLARE IN ONCOLOGIA
La diagnostica molecolare in oncologia ha avuto il suo maggiore impatto nella diagnosi e nel trattamento del cancro al seno, ma anche nella diagnosi di tumore del colon-retto, del cancro del polmone e della prostata al fine di ridurne la mortalità. Nella lotta contro il cancro, la diagnostica molecolare è uno strumento di rilevamento precoce e di gestione della malattia, la chiave per una gestione più efficace del cancro e il fondamento della medicina personalizzata.
Mediante l’impiego della tecnologia NEXT GENERATION SEQUENCING (NGS). E’ possibile inoltre verificare la predisposizione a diversi tumori (BRCA1- BRCA2 per la predisposizione al carcinoma mammario e ovarico).
Il test genetico BRCA1 e BRCA2 (Breast Cancer 1 e 2) è un test di laboratorio in grado di identificare alterazioni ereditarie nei geni BRCA1 e BRCA2 con un semplice prelievo ematico.
Questi geni regolano, attraverso un meccanismo non ancora del tutto noto, la corretta crescita e proliferazione delle cellule della mammella e dell’ovaio.
A seguito di approfonditi studi effettuati su famiglie a rischio, è stato accertato che le donne che possiedono mutazioni ereditarie a livello dei geni BRCA1 e BRCA2 rischiano di sviluppare un tumore alla mammella nell’87% dei casi, contro una probabilità del 10% dei non portatori di mutazioni.
Recenti studi hanno inoltre dimostrato che più della metà delle donne portatrici di mutazioni a livello dei geni BRCA sviluppa un tumore al seno prima dei 50 anni.
Il rischio di sviluppare un tumore ovarico in caso di ricorrenza di mutazioni in uno dei due geni in questione è compreso tra il 44-60%, rispetto all’1% di probabilità dei non portatori.
Inoltre, il Centro Ames effettua un ricco portafoglio di test che puntano alla rilevazione di mutazioni genetiche e di misurare l’espressione genica di tessuti tumorali fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE).
I saggi, con una sensibilità eccezionale (1%) e l’accuratezza (99%), si basano su una PCR real time denominata “ADx-ARMS” per rilevare le mutazioni somatiche più comuni di diversi geni come EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, EML4-ALK, ROS1.
In particolar modo il kit per:
EGFR
l’individuazione delle mutazioni somatiche più informative del gene del recettore del fattore di crescita epidermico (EGFR). La presenza di mutazioni di EGFR sono ricercate in pazienti con carcinoma polmonare non a piccole cellule metastatico per predire la sensibilità a Iressa. Infatti, in Cina queste mutazioni sono selezionati in pazienti con carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC), che hanno più probabilità di rispondere a Iressa (Gefitinib) o Tarceva (Erlotinib).
KRAS
La presenza di mutazioni del gene KRAS in pazienti con carcinoma colorettale è rilevante per la resistenza a farmaci mirati come gli inibitori della tirosin-chinasi. I pazienti affetti senza mutazioni del gene KRAS sono molto più propensi a beneficiare del Erbitux (Cetuximab) o Vectibix (Panitumumab), rispetto ai pazienti con un gene KRAS mutato. L’ Organizzazione europea “Drug Administration “e US FDA ha raccomandato l’impiego del test KRAS per rilevare eventuali mutazioni genetiche prima l’utilizzo mirato del farmaco Cetuximab e Vectibix nel trattamento del cancro colorettale.
NRAS
NRAS è un membro della famiglia RAS di piccole GTPasi e svolge un ruolo centrale nella vie di segnalazione MAPK.
NRAS è stato implicato nella patogenesi di diversi tumori.
Mutazioni ANR sono particolarmente comuni nel melanoma, nel carcinoma epatocellulare, nella leucemia mieloide e nel carcinoma della tiroide. In totale, si verificano mutazioni attivanti nei geni ANR nel 13 ~ 25% dei melanomi cutanei, nel 1 ~ 6% di cancro del colon-retto e nel 1% di cancro al polmone,principalmente negli esoni 2, 3 o 4.
La presenza di mutazioni del gene NRAS è rilevante per la resistenza ai farmaci nel carcinoma non a piccole cellule del polmone trattati con inibitori della tirosin-chinasi.
BRAF
BRAF è una serin/ treonin chinasi che svolge un ruolo all’interno del pathway di Ras-Raf-MEK-MAPK. Questo percorso, sotto il controllo dei fattori di crescita e ormoni, normalmente regola la proliferazione e sopravvivenza cellulare. Le mutazioni nel gene BRAF sono state associate con lo sviluppo del cancro. Mutazioni di BRAF si verificano in circa il 50% dei melanomi, in ~ 40% dei tumori tiroidei papillari,in ~ 30% dei tumori ovarici, in ~ 10% dei tumori del colon-retto e in ~ 10% dei tumori della prostata. I farmaci che bloccano la attivazione oncogenica di BRAF hanno avuto risultati impressionanti negli studi clinici e la ricerca di nuovi farmaci mirati a BRAF è un’area attiva di ricerca e sviluppo.
EML4-ALK
L’oncogene di fusione EML4-ALK rappresenta uno dei più nuovi bersagli molecolari nel carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC). Questa fusione comportai una piccola inversione all’interno cromosoma 2p. Questa inversione è responsabile dell’espressione di una tirosina chinasi chimerica avente la metà N-terminale della proteina 4 (EML4) del microtubulo di echinodermi fusa al dominio chinasico intracellulare del linfoma anaplastico (ALK). La proteina EML4-ALK possiede una potente attività oncogenica sia in vitro che in vivo. Questa attività può essere bloccata da piccole molecole inibitorie, sostenendo il ruolo di EML4-ALK come un fattore chiave di tumorigenesi polmone.
PIK3CA
Esistono mutazioni del gene Phosphoinositide-3-chinasi subunità alfa catalitica (PIK3CA) in diversi tipi di tumori, tra cui il cancro al seno ed il cancro del polmone non a piccole cellule. La mutazione di PIK3CA può portare all’attivazione persistente del pathway a valle associate con lo sviluppo e la diffusione del cancro.
ROS1
ROS1 è un tirosin-chinasi recettoriale della famiglia dei recettore dell’insulina. Riarrangiamenti cromosomici che coinvolgono il gene del recettore tirosina chinasi ROS1 si verificano in un sottogruppo di carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC). I partner di fusione di ROS1 includono SLC34A2, CD74, SDC4, EZR ecc Queste fusioni portano all’attività chinasi costitutiva ed l’attivazione di percorsi a valle, come JAK / STAT, PI3K / AKT, RAS / MAPK, ecc, che porta alla carcinogenesi.
JAK2
La famiglia di JAK tirosin-chinasi non-recettore, comprende JAK1, JAK2, JAK3, e TYK2. I fattori di crescita e le citochine sono in grado di regolare la trascrizione genica attraverso l’attivazione JAK-dipendente del trasduttore di segnale e attivatore della trascrizione (STAT). La trasduzione JAK-STAT del segnale regola la proliferazione cellulare, il differenziamento, l’apoptosi e la regolazione immunitaria. L’attivazione di JAK2 da mutazione del ammioacido in posizione 617 (V617F) è associata a disturbi mieloproliferativi, compresa la policitemia vera (mutazioni trovate nel 90% dei casi), la trombocitemia essenziale (50%) e l’mielofibrosi idiopatica (50%). Mutazione JAK2 è il principale indicatore in diagnostica di MPD. La mutazione JAK2 V617F è stata trovata in tre dei 24 campioni di cancro del polmone mediante sequenziamento dell’esoma. Se questa scoperta viene convalidata rappresenterà una nuova mutazione importante causativa del cancro del polmone, con l’ulteriore vantaggio che la chinasi mutante è inibita da farmaci ben studiati, come gefitinib.
BCR-ABL
Il AmoyDx BCR-ABL Mutation Detection Kit è un test sensibile e selettivo per la rilevazione della mutazione T315I nel gene BCR-ABL. La maggior parte (95%) dei pazienti con leucemia mieloide cronica (CML) ha un riarrangiamento cromosomico che produce l’oncogene di fusione BCR-ABL1. I pazienti con LMC in genere rispondono molto bene al trattamento con l’inibitore della tirosin-chinasi imatinib mesilato, conosciuta come Gleevec negli Stati Uniti e Glivec in Europa. Tuttavia, le cellule LMC in pazienti trattati con TKI possono sviluppare resistenza al farmaco a causa della comparsa della mutazione puntiforme T315I nel dominio della chinasi BCR-ABL. Nuovi inibitori come dasatinib e nilotinib sono significativamente più potenti di imatinib e possono superare la resistenza.
TYMS
Timidilato sintetasi (TYMS) catalizza la metilazione di deoxyuridylate a deossitimidilato, che è un metabolita chiave per la replicazione e riparazione del DNA. I malati di cancro con un basso livello di espressione genica TYMS possono essere più sensibili al trattamento con la chemioterapia con fluorurati. Questo kit permette la valutazione quantitativa dell’espressione genica TYMS nel tessuto del cancro.
ERCC1
Il test ERCC1 fornisce informazioni sulla potenziale sensibilità del cancro di un paziente alle terapie a base di platino.
La combinazione di carboplatino e paclitaxel è il regime più comunemente usato per il trattamento del tumore non a piccole cellule del polmone (NSCLC). Questi farmaci inibiscono la crescita del cancro danneggiando il DNA. L’espressione del gene di riparazione del DNA di escissione riparazione cross-complementazione gruppo 1 (ERCC1) è segnalata per essere correlata con resistenza ai farmaci a base di platino. Le cellule tumorali con bassa livello di enzima ERCC1 possono essere più sensibili ai farmaci a base di platino dal momento che sono meno in grado di riparare il DNA danneggiato.
C-KIT
KIT è un recettore tirosina chinasi (RTK) che svolge normalmente un ruolo critico nella emopoiesi. La mutazione del gene KIT conduce alla crescita aberrante della cellula ospitante la proteina mutante. Mutazioni di KIT sono state associate a diverse neoplasie, tra cui la leucemia mieloide acuta (AML), tumori stromali gastrointestinali (GIST) e carcinomi testicolari.
RRM1
Gene RRM1 è l’abbreviazione di ribonucleotide reduttasi M1. La gemcitabina è l’analogo DCTP ed è l’inibitore della ribonucleotide reduttasi. RRM1 è uno degli obiettivi della gemcitabina. È stato dimostrato che. un alto livello di espressione di RRM1 è collegato con la resistenza alla gemcitabina. Inoltre, i pazienti oncologici in uno stadio avanzato con un alto livello di espressione di RRM1 hanno prognosi infausta. Pertanto, la valutazione quantitativa dell’espressione genica RRM1 potrebbe determinare l’idoneità di gemcitabina a pazienti affetti da cancro NSCL e stimarne la prognosi.
Per saperne di più
AMBULATORIO
Presso l’ambulatorio del Centro AMES si effettuata il servizio di consulenza genetica pre test, post test e clinica nella quale i soggetti e le famiglie vengono informati sulla natura, l’ereditarietà e le implicazioni delle malattie genetiche. La consulenza è anche finalizzata a fornire un aiuto all’utente al fine di prendere decisioni informate d’ordine medico e personale.
L’attività di consulenza spazia in diversi campi:
- consulenza genetica diagnostica (prenatale, postnatale, ed oncologica);
- consulenza genetica per la caratterizzazione dei portatori sani;
- consulenza genetica di suscettibilità;
- consulenza genetica pre test pre sintomatici;
- consulenza genetica farmacogenetica
- consulenza genetica per forense.
CITOGENETICA
Le analisi citogenetiche consentono lo studio dell’assetto cromosomico delle cellule e quindi del cariotipo e l’individuazione di piccole alterazioni strutturali dei cromosomi; l’attività prevede l’effettuazione di indagini diagnostiche volte all’identificazione delle anomalie cromosomiche costituzionali (citogenetica costituzionale), acquisite (citogenetica acquisita) e allo studio delle anomalie cromosomiche indotte e delle sindromi da instabilità cromosomica (mutagenesi citogenetica).
CARIOTIPO MOLECOLARE (CGH ARRAY)
Il cariotipo molecolare o ibridazione genomica comparativa su microarray (Array – Comparative Genomic Hybridization o Array-CGH) è una tecnica di citogenetica molecolare, dotata di ampio potere risolutivo, che consente di identificare anomalie cromosomiche di tipo numerico (aneuploidie) a carico dei 22 autosomi e dei cromosomi sessuali (X e Y), e anche variazioni del numero di copie (CNV) di sequenze del DNA umano, come duplicazioni/amplificazioni (presenza in eccesso di materiale genetico) o delezioni (perdita di materiale genetico), rispetto al livello di ploidia nel DNA di un campione rispetto ad un controllo di riferimento. Il principio della tecnica si basa infatti sull’ibridazione competitiva tra due DNA genomici (campione e controllo di riferimento) diversamente marcati con specifici fluorocromi e coibridati su un array di oligonucleotidi. Il potere risolutivo della tecnica è variabile a seconda della piattaforma utilizzata, caratterizzata dal numero e dalla spaziatura media tra le sonde.
La maggior parte delle piattaforme CGH array clinicamente disponibili sono progettate per rilevare aneuploidie e per identificare microdeletioni/microduplicazioni e riarrangiamenti cromosomici sbilanciati subtelomerici, analizzando l’intero genoma o parti di questo in un singolo esperimento di ibridazione.
Per tale motivo rappresenta l’approccio di elezione nella diagnosi di laboratorio di malattie dovute a sbilanciamenti cromosomici criptici di dimensioni anche molto inferiori al limite di risoluzione della citogenetica convenzionale.
Inoltre questa metodica d’analisi mostra dati promettenti nella ricerca sul cancro e nella diagnosi, classificazione, prognosi di diverse neoplasie, oltre che per lo sviluppo degli obiettivi diagnostici e terapeutici.
Ma questa tecnologia non è in grado di individuare gli squilibri cromosomiche bilanciati come traslocazioni e le inversioni, alcuni ploidie ed un basso livello di mosaicismo o squilibri relativi a regioni cromosomi non rappresentate dalle piattaforme selezionate. Il CGH array ha aumentato la capacità di rilevare varianti genomiche (CNV) patologiche presenti in pazienti con ritardo globale dello sviluppo, ritardo mentale, autismo, anomalie congenite multiple e dismorfismi.
BIOLOGIA MOLECOLARE
Le indagini di genetica molecolare consistono nello studio del DNA le cui alterazioni possono essere correlate o responsabili di un particolare fenotipo; attraverso l’analisi molecolare è quindi possibile individuare mutazioni del patrimonio genetico responsabili di malattie ereditarie e/o varianti polimorfiche.
Inoltre con le moderne tecniche di biologia molecolare è possibile la diagnosi molecolare delle infezioni virali,batteriche e parassitarie mediante amplificazione genica (PCR).
GENETICA MOLECOLARE PRENATALE
- La tecnica della QF-PCR ( Quantitative Fluorescent Polymerase Chain Reaction ) nasce dall’ applicazione della biologia molecolare alla genetica prenatale e consiste in una tecnica di amplificazione quantitativa fluorescente di sequenze di DNA ripetute altamente polimorfiche. La tecnica si esegue su DNA estratto da villi coriali, liquido amniotico o sangue fetale, permette di definire l’assetto numerico dei cromosomi 13, 18, 21, X ed Y, per poter evidenziare la presenza di eventuali aneuploidie. Questa metodica, altamente innovativa, rappresenta un utile supporto diagnostico nei casi di fallimento della coltura cellulare, referti ecografici dubbi in gravidanze inoltrate, riscontro immediato di sindromi polimalformative (es. triplodie), conferma di ITG per trisomie 13, 18, e 21; inoltre consente di effettuare un’ amniocentesi anche a sole 12-14 settimane (amniocentesi precoce).
- Il test prenatale non invasivo, Verifi Prenatal test®,è un test innovativo, effettuabile anche in caso di gravidanze bigemellare, che consente lo screening delle principali aneuploidie cromosomiche fetali ad alto e basso richio ( aneuploidie dei cromosomi 13, 18, 21, X ed Y) oltre alla determinazione del sesso fetale.
Il Verifi Prenatal test® inoltre prevede un ulteriore approfondimento per la valutazione di eventuali microdelezioni responsabili delle piu’ comuni sindromi da microdelzione come la Sindrome di di George, Sindrome di Angelman, Sindrome di Prader-Willi, Sindrome di Cri du Chat e la Sindrome di Hirschhorn.
Il test consiste in un semplice prelievo di sangue materno in apposite provette che stabilizzano le cellule ematiche e ne impediscono il rilascio di DNA genomico. Il campione viene poi sottoposto ad un protocollo standardizzato per estrazione, amplificazione e sequenziamento del DNA fetale. Il test prenatale non invasivo si esegue direttamente presso il laboratorio di Genetica Medica del Centro AMES grazie all’utilizzo della tecnologia Illumina® . Il Verifi Prenatal test® è un test altamente sensibile (99,9% per il cromosoma 21) che consente risultati accurati anche a partire da quantità minime di campione (fetal fraction 1.5%).
Il Verifi Prenatal test® risulta maggiormente attendibile e sicuro rispetto ai comuni test di sequenziamento poiché si avvale della tecnologia di sequenziamento massivo parallelo del DNA anche nota come Next Generation Sequencing, che assicura un incremento di 3-4 ordini di grandezza del numero di sequenze ottenute in ciascuna corsa, aumentando notevolmente l’accuratezza.
- Il CGH array (Array – Comparative Genomic Hybridization) è ampiamente usato nella diagnosi prenatale, in particolare dopo un risultato ecografico anormale e per una caratterizzazione più profonda di anomalie cromosomiche rilevate nel cariotipo fetale.
È’ possibile effettuare presso il Centro Ames diagnosi prenatale mediante CGH array attraverso l’utilizzo di due piattaforme fornite da Agilent Technologies:
– “Piattaforma base” (EasyChip 8x15K), specifica per le patologie che interessano il feto, e la cui progettazione è stata curata dal Prof. Novelli. Tale piattaforma presenta una risoluzione spaziale di 250 Kb per 43 regioni specifiche associate a particolari disturbi o sindromi, di 500 Kb per le regioni subtelomeriche e di 3-4 Mb per le restanti sequenze genomiche.
“EasyChip 8x15K” consente di identificare alterazioni cromosomiche quali microdelezioni/duplicazioni responsabili di differenti sindromi, tra cui:
Sindrome di Glass, sindrome di Wolf-Hirschhorn, Cri du chat di sindrome, sindrome di Sotos, sindrome di Williams-Beuren, sindrome di Langer-Giedion, sindrome di Kleefstra, sindrome di DiGeorge, sindrome di WAGR, sindrome di Potocki-Shaffer, sindrome di Jacobsen, sindrome di Prader-Willi, sindrome di Angelman ATR-16 sindrome, la sindrome Dieker Miller, sindrome di Smith-Magenis, sindrome di Potocki Lupski, sindrome di Koolen-De Vries, sindrome di Down, sindrome Cat-eye e molti altri alterazioni cromosomiche.
– “Piattaforma ad alta risoluzione” (4x180K) che presenta circa 180.000 sonde di oligonucleotidi lunghe 60 mer sintetizzate in situ sul vetrino ed una risoluzione media delle sonde di 13 Kb. Questa piattaforma consente di analizzare 16.605 geni ed è suggerita nei casi di sospetto o familiarità per l’autismo, comportamento dello spettro autistico, ritardo mentale, ritardo dello sviluppo (DD), difetti cardiaci, dismorfismi e per un elevato numero di sindromi ed alterazioni cromosomiche oltre quelle presenti nella piattaforma EasyChip 8x15K.
FARMACOGENETICA E DIAGNOSI MOLECOLARE IN ONCOLOGIA
La FARMACOGENETICA, si propone di studiare le variazioni nella sequenza dei geni (“varianti polimorfiche”) responsabili dell’efficacia della terapia farmacologica in un determinato individuo. Test del DNA, che identificano queste varianti polimorfiche, sono in grado di predire, almeno in parte, come un paziente risponderà ad un determinato farmaco.
La diagnostica molecolare in oncologia ha avuto il suo maggiore impatto nella diagnosi e nel trattamento del cancro al seno, ma anche nella diagnosi di tumore del colon-retto, del cancro del polmone e della prostata al fine di ridurne la mortalità. Nella lotta contro il cancro, la diagnostica molecolare è uno strumento di rilevamento precoce e di gestione della malattia, la chiave per una gestione più efficace del cancro e il fondamento della medicina personalizzata. Il Centro Ames effettua un ricco portafoglio di test che puntano alla rilevazione di mutazioni genetiche e di misurare l’espressione genica di tessuti tumorali fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE).
I saggi, con una sensibilità eccezionale (1%) e l’accuratezza (99%), si basano su una PCR real time denominata “ADx-ARMS” per rilevare le mutazioni somatiche più comuni di diversi geni come EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA, EML4-ALK, PIK3CA, ROS1, JAK2,. BCR-ABL, TYMS, ERCC1, C-KIT, RRM1.
GENETICA FORENSE
L’attività di questo settore del Laboratorio è rivolta alle indagini di paternità, di identità e criminalistiche ed è rivolto ad utenti esterni.
ULTERIORI INDAGINI GENETICHE
Il Centro Ames utilizza le tecnologie più avanzate nell’ambito della genetica e si avvale di genetisti di altissimo livello provenienti dal mondo Universitario e della ricerca medica, per tale motivo è possibile richiedere indagini molecolari per altre patologie non specificatamente descritte all’interno di questa carta dei servizi, così come è possibile svolgere alcune analisi presenti nella carta anche su differenti materiali biologici. Lo specialista, tramite un continuo contatto con i genetisti del Centro Ames, potrà richiedere specifiche analisi e confrontarsi su eventuali criticità emergenti sia pre sia post indagini genetica.
Servizi digitali
Prenotazioni
e referti online
Centro Ames mette a disposizione strumenti digitali per facilitare l’accesso ai servizi, come la prenotazione online delle prestazioni e la consultazione dei referti via web.
Questi servizi migliorano l’esperienza dell’utente e favoriscono la continuità del percorso diagnostico.
