Il Sequenziamento di Nuova Generazione ha permesso di leggere le sequenze di DNA in parallelo riducendo sia i costi che i tempi di attesa per il sequenziamento di singoli geni, pannelli di geni, esoma ed intero genoma. Questo ha permesso un impiego ampio in più settori della biologia tra i quali l’oncologia.

Perchè usare l’NGS?

permettere l’identificazione e la quantificazione della presenza o meno di varianti patogenetiche con la possibilità di identificare le mutazioni nell’intero genoma di un individuo.

Che utilità ha?

Il risultato di questo tipo di analisi consente una profilazione precisa del tipo di patologia e delle possibili terapie.

L’ immunoistochimica permette di chiarire tramite la valutazione dell’espressione di specifiche proteine   presenti nei tessuti, la natura delle cellule  quando l’esame morfologico non risulta  sufficiente.

La tecnica si basa sulla reazione tra  l’antigene e l’anticorpo ed evidenzia se la  proteina in esame è presente nel campione  ed dove essa è eventualmente localizzata (membrana cellulare, citoplasma, nucleo,  tessuti extracellulari).

Le maggiori applicazioni dell’  immunoistochimica sono rappresentate dall’identificazione della natura di tumori maligni aplastici (es: linfomi, carcinomi,  melanomi), nella caratterizzazione di  neoplasie del sistema emo-linfopoietico (es: linfomi, leucemie), nell’identificazione dell’  origine di una metastasi, utilizzando  marcatori tessuto-specifici,  nell’identificazione di agenti microbici (es: virus, batteri, protozoi).

Lo studio delle aberrazioni cromosomiche nelle malattie oncoematologiche rappresenta ancora oggi il modello attraverso il quale può essere raggiunta l’identificazione di un“marcatore” di malattia di altissimo valore clinico-prognostico,spesso in grado di spiegare alcune caratteristiche biologiche delle cellule tumorali e quindi stimolare valide ipotesi per un trattamento mirato.

Sono descritti, infatti, riarrangiamenti cromosomici “tumore specifici” che permettono una diagnosi corretta a fronte di un sospetto o dubbio clinico. Per esempio il riscontro del cromosoma Philadelphia in un aspirato midollare di un paziente con sospetta leucemia, permette di diagnosticare una leucemia mieloide cronica.

La Real Time PCR, denominata anche PCR quantitativa, è una tecnica impiegata in biologia molecolare per amplificare e quantificare simultaneamente il DNA: essa misura l’amplificazione in tempo reale durante la fase esponenziale della PCR, quando cioè l’efficienza della reazione è influenzata minimamente dalle variabili del processo. I prodotti della reazione vengono determinati a partire dal momento in cui l’amplificato diventa rilevabile.

Questa tecnica in ambito oncologico permette l’analisi di DNA estratto da tessuti freschi, congelati, fissati in formalina inclusi in paraffina (FFPE) e plasma e l’identificazione di mutazioni ricorrenti tramite l’amplificazione specifica dell’allele mutato.